Im Frühjahr 1942 wurde das Vernichtungslager Belzec fertiggestellt, Sobibor und Treblinka folgten im Sommer 1942. Die Reichsbahn transportierte Menschen aus den Lagern und Ghettos in Güterwagen zu den Vernichtungslagern. Selbst über lange Strecken wurden Güterwagen fast ausschließlich für Deportationen in den Osten – beispielsweise aus Rumänien und Ungarn – eingesetzt. Die Realität entspricht hier dem kollektiven Gedächtnis, das durch ikonische Fotos überfüllter Güterwagen geprägt ist.
Juden werden am Warschauer Umschlagplatz in Güterwagen verladen. Ein Reichsbahn-Telegramm vom 14. Juli 1942 informiert über die Gebühren für „Sonderzüge für Juden“ nach Auschwitz. Vertreter der Reichsbahn nahmen im September 1942 an einer „Konferenz über die Evakuierung der Juden des Generalgouvernements und die Deportation der Juden Rumäniens ins Generalgouvernement“ teil. Insgesamt sollten 800.000 Juden deportiert werden. Der Chef der Sicherheitspolizei und der SD forderten dringend
zwei Züge pro Tag vom Bezirk Warschau nach Treblinka, einen Zug pro Tag vom Bezirk Radom nach Treblinka, einen Zug pro Tag vom Bezirk Krakau nach Belzec und einen Zug pro Tag vom Bezirk Lemberg nach Belzec.
Die Deportationen waren der Anfang und eine unabdingbare Voraussetzung für die Vernichtung der deutschen Juden, da die Verantwortlichen Angst davor hatten, den Massenmord in Deutschland selbst durchzuführen.
Platz der jüdischen Deportierten in Hamburg: Mahnmal und Gedenktafel. 1001 brennende Kerzen als Davidstern für 1001 Deportierte auf dem Trammplatz in Hannover zum 70. Jahrestag der ersten Deportation.
Erst später rückten die Deportationen in den Fokus deutscher Strafverfahren. In dreizehn westdeutschen und sechs ostdeutschen Verfahren mussten sich rund 60 höhere Gestapo-Ränge vor Gericht verantworten.
Von den in der DDR vor Gericht gestellten Angeklagten wurden zehn zu langen Haftstrafen verurteilt. Die Richter gingen davon aus, dass die Rechtswidrigkeit der Deportationen offenkundig war und die Angeklagten aus Überzeugung, Gleichgültigkeit oder Karrierestreben gehandelt hatten. Die Prozesse begannen deutlich früher als in der Bundesrepublik Deutschland, doch auch in der DDR gab es Mängel in der Strafverfolgung, und viele Gestapo-Hauptquartiere blieben unbehelligt.
Westliche Strafverfolgungsbehörden nahmen ihre Ermittlungen meist erst spät auf. Straftatbestände wie Freiheitsberaubung und Totschlag waren bereits verjährt. 38 Angeklagte wurden von westdeutschen Gerichten freigesprochen. Neun Angeklagte wurden verurteilt, zwei erhielten Haftstrafen von mehr als sechs Jahren, einer wurde zu lebenslanger Haft verurteilt. Die meisten Angeklagten gaben an, nichts vom Völkermord gewusst zu haben (siehe Zeitgenössisches Wissen über den Holocaust), behaupteten, auf Befehl gehandelt zu haben, oder beteuerten, die Rechtswidrigkeit ihrer Handlungen zum damaligen Zeitpunkt nicht erkannt zu haben.
Albert Ganzenmüller, Staatssekretär im Reichsverkehrsministerium, floh 1945 aus dem Internierungslager nach Argentinien. Sein Entnazifizierungsverfahren verzögerte sich; 1955 kehrte Ganzenmüller zurück und arbeitete bis 1968 als Transportfachmann bei der Hoesch AG in Dortmund. 1957 ermittelte die Staatsanwaltschaft gegen ihn wegen eines belastenden Briefwechsels über „jüdische Transporte“, der entdeckt worden war. Die Ermittlungen wurden mehrmals eingestellt, führten aber 1973 zu einer Anklage: Ganzenmüller wurde Beihilfe zum Mord vorgeworfen. Dies war der erste Prozess gegen hochrangige Reichsbahnbeamte 28 Jahre nach Kriegsende. Er wurde jedoch nicht verurteilt; Ganzenmüller war verhandlungsunfähig.
Diejenigen, die in anderen Funktionen an den Deportationen beteiligt waren, wie Verwaltungsangestellte oder Bürgermeister, blieben weitgehend unbehelligt.
Die französische Eisenbahngesellschaft SNCF war unter dem Vichy-Regime an der Durchführung von Deportationen beteiligt. Die Deutsche Bahn setzte sich mit ihrer Geschichte in einer Ausstellung auseinander, lehnte aber Entschädigungsforderungen ab. Lange Zeit zögerte sie, Raum für eine solche Ausstellung zu stellen oder andere Lösungen zu finanzieren. Erst nach Intervention des Bundesverkehrsministers Wolfgang Tiefensee wurde im Januar 2008 die Wanderausstellung „Sonderzüge in den Tod“ im Berliner Bahnhof Potsdamer Platz eröffnet.
Am 29. September 2005 entschuldigte sich die niederländische Staatsbahn Nederlandse Spoorwegen für ihre Beteiligung an der Deportation von Juden.
„Sonderzüge in den Tod“ ist der Titel einer Wanderausstellung, die an die Deportationen der Reichsbahn in die NS-Konzentrationslager erinnert. Sie wurde 2006 in Frankreich und 2008 (in abgewandelter Form) in rund zehn deutschen Bahnhöfen gezeigt. Die von der Deutschen Bahn in Zusammenarbeit mit Beate und Serge Klarsfeld sowie einer Bürgerinitiative konzipierte Ausstellung integriert Elemente der Ausstellung „Judenkinder deportiert in Frankreich“, die drei Jahre lang an französischen SNCF-Bahnhöfen zu sehen war.
„Zug der Erinnerung“ ist der Name einer einmaligen „rollenden Ausstellung“ auf deutschen Schienen, die 2007, 2008 und 2009 mit Personal und Wagenmaterial der ehemaligen Reichsbahn an die Deportation Hunderttausender Kinder aus Deutschland und dem übrigen Europa in deutsche Konzentrations- und Vernichtungslager erinnerte. Durch die Fokussierung auf eine Gruppe von Opfern sollte es der jüngeren Generation erleichtert werden, sich mit den Opfern der Shoah zu identifizieren. Die Zugreise begann am 9. November 2007 in Frankfurt am Main. Dieses Datum erinnerte an die Verfolgungsmaßnahmen im Deutschen Reich. Es folgte eine rund 3.000 Kilometer lange Fahrt durch Städte und zu den Deportationsbahnhöfen der SS.
Die Deutsche Bahn (DB), Rechtsnachfolgerin der Deutschen Bahn (DR), verweist auf ihre Dauerausstellung zur Rolle der Reichsbahn im Zweiten Weltkrieg, die 2002 im DB Museum in Nürnberg (Verkehrsmuseum) eingerichtet wurde.
Das Deutsche Technikmuseum in Berlin thematisiert seit Oktober 2005 im Lokschuppen 2 im Rahmen der Dauerausstellung „Deportationen von Juden mit der Deutschen Reichsbahn 1941–1945“ das Schicksal von zwölf Berlinern. Zentrales Exponat ist ein alter Güterwagen für den Transport von Vieh und feuchtigkeitsempfindlichen Gütern. Auch andere Gedenkstätten verwenden sogenannte Viehwaggons als Symbol für Deportation und Holocaust; diese gelten jedoch nicht als authentische Relikte. Zu diesen Gedenkstätten zählen das Güterwagen-Mahnmal in Hamburg-Winterhude, das Mahnmal am Stuttgarter Nordbahnhof, das Gleis-17-Mahnmal am Bahnhof Berlin-Grunewald und das Deportationsdenkmal am Duisburger Hauptbahnhof.
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